Zyrtarisht kohën e fundit Fatmir Sheholli është përfaqësues i shoqërisë civile nga Instituti për Avancimin e Marrëdhënieve Ndëretnike.
Përgjatë viteve të 90-ta, gjatë regjimit të Slobodan Milosheviqit në ish-Jugosllavi, ai ka punuar në Sigurimin Shtetëror të Serbisë, institucion famëkeq ky ku Sheholli ka kontribuar deri në vitin 1993.
Megjithëkëtë, nuk është i vetëm imazhi negativ i tij që ka punuar në Sigurimin Shtetëror të Serbisë.
Familja e tij e ngushtë nëpër kohë shquhej për një besnikëri ndaj serbëve dhe shtetit serb, deri në kufijtë ekstrem. Babai I tij, Maliq Sheholli, ka qenë në strukturat e Partisë Socialiste të Serbisë, të cilën atëkohë e udhëhiqte Slobodan Milosheviq. Atëkohë nuk kishte thuajse fare raste, në Kosovë, kur shqiptarët e merrnin guximin jo vetëm të dilnin kundër kërkesave të shqiptarëve për liri e pavarësi dhe organizimit të “Shtetit paralel”, si babi i tij, Maliq Sheholli, i cili kryesonte detyra publike në shërbim të Serbisë.
Më 15 mars në vitin 1991, publikisht përmes një shkrim të botuar në gazetën e kohës “Bujku”, 44 familje Sheholli nga Podujeva dhe rrethina ishin distancuar publikisht nga Maliq Sheholli dhe i biri i tij Fatmiri, të cilët akuzoheshin për bashkëpunim me pushtetin serb të asaj kohe. Në shkrim theksohej se, Maliqi Sheholli dhe i biri Fatmiri “janë vënë në shërbim të pushtuesit serb dhe kështu kanë bërë aktin më të lig njerëzor: tradhtinë kombëtare”.
Përgjatë viteve të 90-ta kur Kosova u shpall Republikë, duke miratuar dhe kushtetutën, mbi bazë të se cilës do të mbahej Referendumi për Pavarësi, dhe zgjedhjet parlamentare e presidenciale, bëri hap drejtë krijimit të institucioneve shtetërore, Presidenca, Kuvendi dhe Qeveria. Këto institucione kishin organizuar arsimin, shëndetësinë, financimin paralel, ndërsa Serbia i kishte mbyllur shkollat e mesme, Universitetin e Prishtinës, kishte dëbuar masivisht mjekët nga puna, nga fabrikat, kompanitë kolektive, si RTP-ja e Posta, nga kudo që shqiptarët nuk i pranonin “Masat e dhunshme”, që regjimi okupues i Serbisë i vendoste.
Vetë Fatmir Sheholli u vu në krye të RTP-së, pavarësisht që nuk kishte formim profesional, por për shkak të besueshmërisë së sistemit okupues.
Emri i Fatmir Shehollit u bë subjekt diskutimi në kuvend mes kryeministrit Albin Kurti dhe deputetit të Partisë Demokratike të Kosovës, Hisen Berisha, i cili njihet për afërsi me Shehollin. Kurti i kishte kërkuar Berishës që të mos takohej me Shehollin.
Vitin e kaluar, Sheholli, në një deklaratë për media, pohoi se është dëshmitar në Gjykatën Speciale.
Ai e pranoi se është thirrur si dëshmitar për rastin e vrasjes së babait të tij, Maliq Shehollit.
Maliq Sheholli, babai i Fatmir Shehollit, u vra në vitin 1998 gjatë luftës në Kosovë. Përgjegjësinë për vrasjen e tij e kishte marrë Ushtria Çlirimtare e Kosovës, përmes një komunikate të lëshuar asokohe. Ndonëse vetë Fatmir Sheholli nëpër intervista të mediave serbe, si dhe për anëtarët e “Delegacionit Amerikano-Verior në solidaritet me Jugosllavinë”, kishte deklaruar se UÇK-ja ia kishte vrarë babanë duke e quajtur tradhtar se mbështeste Jugosllavinë, më vonë hodhi poshtë përgjegjësinë e UÇK-së për vrasjen e babit të tij.
Arrestimi i Fatmir Shehollit, nën dyshimin e bazuar të Prokurorisë Speciale për spiunazh, pritet të nxjerrë në pah fakte të reja. Në raportin e inspektoratit të AKI-së dorëzuar vitin e kaluar në Prokurorinë Speciale, ishte konstatuar se pa u ndjekur procedurat e brendshme ka pasur rritje buxheti për informatorët, ndërkohë që shpenzimi i rreth 2 milionë eurove është bërë pa u evidentuar pranuesit, apo edhe në rastet kur ata janë ditur nuk ka pasur të dhëna për informatat e marra në këmbim. Kështu që përgjatë viteve 2017-2020, në mesin e atyre që përfituan nga ky fond është edhe Fatmir Sheholli, i cili, sipas të njëjtit raport, ka pranuar 639 mije euro prej AKI-së.
Sheholli nëpër studio televizive të mediave vendore është paraqitur shpesh, në rolin e një analisti politik, duke pohuar se ka punuar në shërbim të UDB-së në vitet e 90-ta.